El archivo cuenta con una biblioteca antigua procedente de instituciones femeninas del periodo novohispano como la:
Biblioteca del Convento de San José de Gracia.
Biblioteca Colegial siglo XIX y XX que contiene libros que fueron usados en la enseñanza del Colegio de San Ignacio durante el siglo XIX y hasta 1920.
Biblioteca Vasca con ejemplares que hablan sobre historia, geografía, política, cultura y arte del País Vasco y su influencia en México.